Compõem a administração superior da FGD o Conselho Técnico Científico e o Conselho Fiscal. A Diretoria Executiva é composta pelo Presidente, Diretor Administrativo e Diretor Técnico Científico.
CONSELHO TÉCNICO CIENTÍFICO
O Conselho Técnico Científico (CTC) é composto por seis docentes da UFERSA, um membro de entidades científicas, empresariais ou profissionais, sem vínculo com a instituição apoiada e um representante da Prefeitura Municipal de Mossoró, sendo todos os indicados homologados pelo Conselho Universitário da UFERSA.
O CTC é dirigido pelo presidente da Fundação Guimarães Duque e composto pelos conselheiros abaixo elencados:
Presidente
Lucas Lúcio Godeiro
Representantes docentes da UFERSA:
Lucas Lúcio Godeiro – Presidente
Kátia Perez Gramacho
Marcelo Roberto Bastos Guerra Vale
Matheus da Silva Menezes
Representante da sociedade empresarial:
Maurílio Alves de Melo
CONSELHO FISCAL
É o conselho responsável pela fiscalização e emissão de parecer sobre as atividades econômico-financeiras da FGD, sendo composto por três docentes da UFERSA e um representante dos funcionários indicado pela Associação dos Funcionários da UFERSA – ASSUFERSA, conforme elencados abaixo:
Presidente
Augusto Cezar Cunha Filho
Representantes Docentes da UFERSA
Kléber Formiga Miranda
Thiago Costa Carvalho
Representante Técnico Administrativo da UFERSA
José Paulo de Sousa
DIRETORIA EXECUTIVA
É o órgão executivo, cabendo-lhe a execução das políticas e ações estabelecidas pelo Conselho Técnico Científico, bem como a administração e a coordenação de todas as atividades da FGD. Atualmente a diretoria é composta pelos seguintes membros:
Presidente
Lucas Lúcio Godeiro
Diretor Administrativo
Antônio Gomes Nunes
Diretor Técnico Científico
Luiz Carlos Aires de Macedo